Năm 1935, Trần được Tưởng Giới Thạch cử sang Đài Loan tham dự "Lễ kỉ niệm 40 năm quản trị Đài Loan" của Nhật, một buổi lễ có một không hai cho tới nay, nhằm minh chứng cho quá trình hiện đại hóa Đài Loan dưới sự cai trị của người Nhật. Trong thời gian tại Đài Loan, ông ca ngợi hệ thống hạ tầng cơ sở và sự phát triển kinh tế mạnh mẽ. Trần cũng công khai bộc lộ sự ngưỡng mộ pha lẫn ghen tị với chất lượng cuộc sống của người dân Đài Loan, so với người dân đại lục đang chìm đắm trong cuộc chiến kéo dài. Sau khi trở về Phúc Kiến, ông gửi một báo cáo cho Tưởng Giới Thạch về chuyến viếng thăm. Với những kinh nghiệm về Nhật Bản và Đài Loan, Trần trở thành ứng cử viên số 1 cho chức Chủ tịch tỉnh Đài Loan sau khi Nhật đầu hàng.

Căn cứ Quân lệnh số 1 của Tướng Douglas MacArthur [2], Trần Nghi được Tướng Kerr tháp tùng sang Đài Loan chấp nhận sự đầu hàng của chinh quyền Nhật tại đây với tư cách đại diện Trung Hoa. Ngày 25 tháng 10 năm 1945, trước sự chứng kiến của đại diện các nước Đồng minh, Trần ký hiệp ước nhận hàng với Tướng Ando Rikichi, Tổng đốc Đài Loan, tại Tòa thị chính Đài Bắc (nay là cung Trung Sơn). Trần Nghi tuyên bố ngày này là ngày giành lại Đài Loan, dù vẫn có tranh cãi về mặt pháp lý vì Nhật Bản chưa hề trao trả lại Đài Loan trong bất kỳ hiệp ước nào cho tới tận năm 1952.

Ca tụng và chỉ trích

Trần được ca ngợi nhờ sự tận tụy, tiết kiệm và trong sạch.[3] Tuy nhiên ông cũng bị chỉ trích vì làm ngơ trước sự tham nhũng của các quan chức khác, và sự cứng đầu trong một số chính sách. Dù thông thạo tiếng Nhật, ông từ chối sử dụng ngôn ngữ này để giao thiệp với các quý tộc bản địa Đài Loan, dù nhiều người trong số họ không nói được tiếng Quan thoại, cho rằng hòn đảo phải từ bỏ thứ ngôn ngữ thuộc địa để chuyển sang quốc ngữ. Thêm vào đó, ông cũng không chủ động tiếp xúc với xã hội Đài Loan, càng khiến ông không nhận ra những bất ổn đang ngấm ngầm trỗi dậy tại Đài Loan trong năm đầu tiên sau chiến tranh.[4]

Sau đó Trần bị cách chức Chủ tịch tỉnh Đài Loan do những quyết sách sai lầm của ông đã dẫn đến Sự kiện 28 tháng 2. Trong những năm đầu sau khi trở về với Trung Hoa, Đài Loan chìm trong nạn tham nhũng mà Trần là kẻ bao che, dẫn đến lạm phát nghiêm trọng, khiến nhân dân địa phương bất bình. Những cáo buộc đầu cơ trục lợi đối với người đại lục và sự yếu kém của các dịch vụ xã hội và hành chính cũng góp phần gia tăng căng thẳng. Theo Văn Hối báo tại Thượng Hải, Trần kiểm soát mọi thứ "từ khách sạn đến nhà xí." Người Đài Loan cảm thấy bị đối xử như những đứa con rơi của một thuộc địa hơn là những người con lạc lối nay trở về với cố quốc.

Trần và Sự kiện 28 tháng 2

Bạo lực chống lại người đại lục nổ ra ngày 28 tháng 2 năm 1947, sau khi chính quyền địa phương nổ súng vào thường dân khiến nhiều người chết và bị thương, với nguyên nhân là họ vi phạm lệnh cấm bán thuốc lá nếu không có giấy phép. Trong vài tuần tiếp theo, những người nổi dậy kiểm soát phần lớn đảo chính Đài Loan. Theo lệnh Tưởng Giới Thạch, Trần cho quân trấn áp. Đến tháng 4, Trần đã bắt giam hay xử tử hầu hết các lãnh tụ nổi dậy mà ông có thể lùng bắt được, cũng như truy tố và tử hình (theo lời một đại diện Đài Loan tại Nam Kinh) khoảng 3,000 - 4,000 người trên toàn hòn đảo. Hậu quả là "gần như toàn bộ các lãnh tụ bản địa có học thức, kinh nghiệm hành chính và uy tín chính trị" đều bị giết.[1] Tổng số người chết trong sự kiện này vẫn còn trong vòng tranh cãi và đã trở thành một vấn đề chính trị trong những thập kỷ gần đây (thập niên 1990 và 2000).